Η περιοχή των Τρικάλων κατοικείται από τους προϊστορικούς χρόνους, και οι πρώτες ενδείξεις ζωής, στο σπήλαιο της Θεόπετρας, φτάνουν ως το 49.000 π.Χ. περίπου. Έχουν επίσης ανακαλυφθεί νεολιθικοί οικισμοί από το 6.000 π.Χ. στο Μεγάλο Κεφαλόβρυσο και άλλες τοποθεσίες.

Η πόλη των Τρικάλων είναι χτισμένη πάνω στην αρχαία πόλη Τρίκκα ή Τρίκκη, που ιδρύθηκε γύρω στην 3η χιλιετία π.Χ. και ονομάστηκε έτσι από τη νύμφη Τρίκκη, κόρη του Πηνειού ή κατ’ άλλους του Ασωπού ποταμού. Η πόλη ήταν σημαντικό κέντρο της αρχαιότητας, καθώς εδώ έζησε και έδρασε ο Ασκληπιός, που σήμερα αποτελεί έμβλημα του Δήμου Τρικκαίων, ο οποίος ήταν και βασιλιάς της πόλης. Στην περιοχή υπήρχε μάλιστα ένα από τα σημαντικότερα και αρχαιότερα Ασκληπιεία της εποχής. Η πόλη φέρεται επίσης στην Ιλιάδα του Ομήρου να συμμετέχει στον Τρωϊκό πόλεμο στην πλευρά των Ελλήνων, με τριάντα πλοία και αρχηγούς τους γιατρούς γιούς του Ασκληπιού Μαχάωνα και Ποδαλείριο. Η πόλη υπήρξε πρωτεύουσα βασιλείου κατά τη μυκηναϊκή εποχή και αργότερα αποτέλεσε κέντρο του κράτους της Εσταιώτιδας που καταλάμβανε περίπου τη σημερινή έκταση του νομού Τρικάλων και περιγράφεται από το γεωγράφο Στράβωνα.

Κατά τους ιστορικούς χρόνους η πόλη της Τρίκκης και η γύρω περιοχή του ποταμού γνώρισε ανάπτυξη. Έπεσε στα χέρια των Περσών το 480 π.Χ. ενώ περίπου δέκα χρόνια αργότερα προσχώρησε στη νομισματική ένωση Θεσσαλέων. Το 352 π.Χ. ενώθηκε με τη Μακεδονία του Φιλίππου Β’. Έγινε θέατρο σκληρών μαχών ανάμεσα σε Μακεδόνες και Ρωμαίους, κατά την εισβολή των τελευταίων στην Ελλάδα, καθώς ο Φίλιππος Ε’ και ο γιος του Περσέας προσπαθούσαν να την κρατήσουν ελεύθερη, χωρίς τελική επιτυχία αφού το 168 π.Χ. κατακτήθηκε.

Τους πρώτους μετά Χριστό αιώνες η πόλη και η περιοχή γνώρισε όλους τους τότε εισβολείς στο Βαλκανικό χώρο: Γότθους (396), Ούννους (447), Σλάβους (577), Βούλγαρους (976-1025), Νορμανδούς (1081), Καταλανούς (1309-1311) και από το 1204 τους Φράγκους, ενώ για ένα σύντομο διάστημα ξαναγύρισε στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία και το Δεσποτάτο της Ηπείρου. Στις αρχές της χιλιετίας η πόλη παρουσιάζεται για πρώτη φορά με το σημερινό της όνομα, Τρίκαλα, στην Αλεξιάδα της Άννας Κομνηνής. Η πόλη κατακτάται τελικά από τους Οθωμανούς το 1393, και μετά από μια παρατεταμένη περίοδο παρακμής γίνεται σημαντικό κέντρο οικοτεχνίας, με ονομαστά μάλλινα υφαντά και προϊόντα δέρματος. Επίσης αποτέλεσε σημαντικό πνευματικό κέντρο, καθώς για ένα μεγάλο μέρος της Τουρκοκρατίας (1543-1854) λειτούργησε εδώ η Σχολή Τρίκκης (και αργότερα Ελληνική Σχολή) στην οποία δίδαξαν γνωστοί δάσκαλοι της εποχής, όπως ο Διονύσιος ο Φιλόσοφος.

Στις 23 Αυγούστου του 1881 με τη Συνθήκη της Κωνσταντινούπολης, η πόλη περνάει σε ελληνική κυριαρχία όπως και η υπόλοιπη Θεσσαλία και η Ήπειρος. Θα ξαναβρεθεί υπό Τουρκική κυριαρχία με τον Ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897 για ένα περίπου χρόνο, μέχρι την τελική της ενσωμάτωση στην Ελλάδα (1898).